化学试剂，如铁盐和铝盐等，通过投加进入到活性污泥工艺（水线、主流工艺）中。通常，这被定义为辅助化学除磷。在实际条件下不采用生物法与前置沉淀工艺组成复合工艺。对活性污泥投加化学试剂有两种可选投加点：

在厌氧段末端
从化学沉淀的角度看，投加点应选在正磷酸盐浓度最高的地方，即厌氧池末端。

在好氧区
例如在进入到二沉池的溢流液中。由于磷酸盐浓度较低，对比在厌氧段末端，投加量较低。选择这一投加点要比在厌氧段末端具有优势，特别是根据在线检测出水中磷酸盐浓度直接控制投加量时。 无论在任何投加点，金属盐与活性污泥的充分混合都是十分必要的。这意味着金属盐应投加到例如溢流液中、连续运行的搅拌器和表曝机的旁边或另行安装一特殊的混合器。

为避免生物污泥中化学污泥聚集的弊端，将投加点选在污泥线也是一种可选方法。这意味着辅助投加化学试剂将被分开进行。生物除磷侧流工艺就是一个这样的例子。在一个所谓的“除磷池”中聚磷菌中贮存的磷得到释放，然后进行正磷酸盐的化学固磷。一部分污泥有循环回流到主流中。除了金属盐，其他的试剂，如钙和一些其他的物理化学方法也可应用。

另外一个在活性污泥工艺分别投加化学试剂的方法，在水线中污泥沉淀发生在厌氧段末端。可以通过在厌氧池中设置一个单独的区域或通过在间歇地关闭混合器来达到这一效果。含有较高磷酸盐浓度的厌氧池上清液进入水线中后进行沉淀，与过量污泥一起进入重力浓缩池。这种辅助投加化学试剂的方法已应用于BCFS工艺。